Finska Läkaresällskapet stiftades den 11 oktober 1835. Det räknas som det tredje äldsta lärda samfundet i Finland (efter Societas pro Fauna et Flora Fennica 1821 och Finska Litteratursällskapet 1831). Initiativet till grundandet togs av professorn i kirurgi och barnförlossningskonst, generaldirektören för medicinalöverstyrelsen Carl Daniel von Haartman, som även valdes till Sällskapets första ordförande.
Långt in på 1900-talet hörde praktiskt taget alla läkare i landet till Sällskapet, som även verkade som läkarnas fackliga organisation och remissorgan för statsmakten i medicinska och sanitära angelägenheter. I språkstridens hetta gick de finsksinnade och -språkiga läkarna slutligen nästan mangrant över till sällskapet Duodecim, ursprungligen grundat av medicine kandidater som ivrade för utvecklandet av en finskspråkig medicinsk terminologi. Finska Läkaresällskapet drog till sist konsekvenserna av denna utveckling och blev enspråkigt svenskt. Föreningen saknar för övrigt finskspråkigt namn. Sällskapet är alltså i praktiken de finlandssvenska och tvåspråkiga läkarnas vetenskapliga förening. Tillsammans med Finlands Läkarförbund (grundat 1910) och Duodecim anordnar Finska Läkaresällskapet de årligen återkommande Läkardagarna.
De första hundra åren av Sällskapets historia sammanfaller i stort sett med Finlands medicinska historia. Sällskapet har bland sina ledamöter räknat flera i Finlands historia kända namn såsom Kalevalas skapare, provinsialläkaren i Kajana, Elias Lönnrot. Lönnrot som också i sin medicinska verksamhet var mycket intresserad av folklig läkekonst och folklivsforskning disputerade 1832 på ämnet ”Om finnarnes magiska medicin”, vilket arbete i utvidgad form tio år senare publicerades i Finska Läkaresällskapets Handlingar. Han blev hedersledamot av Sällskapet år 1882. Vår första kvinnliga läkare Rosina Heikel blev ledamot 1884. Bland kända vetenskapsmän kan nämnas Robert Tigerstedt som upptäckte reninet 1898 och Erik Adolf von Willebrand som 1926 beskrev den åländska blödarsjukan, varigenom von Willebrand blivit det finländska läkarnamn, som oftast syns i vår tids medicinska litteratur. Sällskapets ledamot Ragnar Granit erhöll 1967 nobelpriset för sina synfysiologiska upptäckter. Också i dag finner man flera betydande forskare bland Sällskapets ca 1 150 ledamöter.
Finska Läkaresällskapet och dess medlemmar har genom tiderna upprätthållit intima förbindelser med Sverige och de övriga nordiska länderna liksom med ledande medicinska centra och forskare överallt i världen. Särskilt efter andra världskriget har förbindelserna med det övriga Europa och USA varit livliga och många av Sällskapets ledamöter har utfört värdefullt medicinskt forskningsarbete vid europeiska och amerikanska universitet.