Sällskapets syfte är att utveckla den medicinska vetenskapen och hälso- och sjukvården, att främja läkarnas fortbildning, att understöda svenskspråkig och internationell publikationsverksamhet samt att upprätthålla nationellt och internationellt samarbete på medicinens område.

Sällskapet arrangerar månadsmöten med brett vetenskapligt medicinskt program i Annexet på Johannesbergsvägen 8, traditionellt torsdag kvällar klockan 18.15. Efter det officiella programmet serveras en buffémiddag. Månadsmötena har en viktig kollegial funktion, där läkargenerationerna lär känna varandra, kan utbyta erfarenheter och knyta vetenskapliga och sociala kontakter. Därtill arrangeras årligen en fortbildningsdag för yngre medlemmar, klubbkvällar med varierande teman, en trädgårdsfest i början av sommaren, en kräftskiva i slutet av augusti samt utflykter.

Tidskriften Finska Läkaresällskapets Handlingar har publicerats sedan år 1841. Handlingarna utkommer numera med två nummer om året, oftast i form av temanummer.

År 1997 köpte Sällskapet Villa Aikala på Johannesbergsvägen i Mejlans. Villan, byggd 1902, inrymmer i dag Sällskapets kansli, bibliotek, representationslokaler och fyra forskarbostäder. Gårdsbyggnaden byggdes om till en föreläsnings- och festsal i samband med köpet. I gårdsbyggnaden, som kallas Annexet, har också Medicinarklubben Thorax sin klubblokal. En gårdskarlsbostad har inrättats i den gamla bastun. Omgivningen omfattar även en trädgård med medicinalväxter och konst. Villan och Annexet hyrs ut till medlemmar för olika ändamål.

Sällskapet samarbetar aktivt med Medicinarklubben Thorax, Odontologiska Samfundet, Suomalainen Lääkäriseura Duodecim och Finlands Läkarförbund. Tillsammans med Duodecim och Läkarförbundet deltar Sällskapet i arrangerandet av de årligen återkommande Läkardagarna i Helsingfors.

Sällskapets kansli finns på Johannesbergsvägen 8 i Helsingfors och har öppet vardagar kl. 12–15. Kanslisekreteraren sköter löpande ärenden och största delen av Sällskapets korrespondens, tar emot stipendieansökningar och anmälningar till olika evenemang, ansvarar för uthyrningen av Sällskapets lokaler och koordinerar Handlingarnas redaktionella arbete.